W 1945 drużyna spadła do drugiej ligi. W sezonie 1949/1950 Deportivo uzyskało drugie miejsce w Primera División. Trenerem wówczas był Scopelli, a prezydentem Chaver Gómez. W finałowym meczu zespół przegrał z Atletico Madryt. Skutkiem słabej kondycji finansowej klubu były problemy z utrzymaniem wychowanków w drużynie. Zawodnicy upuszczali klub, a drużyna kolejno w latach 1963, 1965, 1967, 1970 i 1973 była relegowana. Po spadku do drugiej ligi Deportivo znajdowało się na przemian w Segunda B División i Tercera División. W 1988 prezydentem klubu wybrany został Augusto César Lendoiro. Dług sięgał 4 mln euro.
W sezonie 1989/1990 Deportivo powróciło do Primera División. W sezonie 1991/1992 w drużynie grali Claudio, Ribera, López-Rekarte, Canales, Liańo, Kirov i Kiriakov, Albístegui, Djukic, Lasarte, López-Rekarte/Mariano Hoyas – Fran, Kanatlarovski, Kiriakov, José Ramón – Claudio; trenerem był Marco Antonio Koronat.