Krytyka religii W Ewangelii według nauki (pierwszej książce poruszającej kwestie religii) pokazał w jaki sposób nauka, matematyka i logika, stają naprzeciw, przebudowują, a nieraz rozwiązują problemy które historycznie uważane były za element składowy religii oraz teologii, takie jak stworzenie świata, nieskończoność czy istnienie Boga. Konkluzja wyrażona w prowokacyjnym zdaniu brzmi: Prawdziwa religia to matematyka, reszta jest zabobonem. Albo inaczej, religia to matematyka ubogich duchem. W innej, chyba najbardziej znanej jego książce: Dlaczego nie możemy być chrześcijanami (a katolikami w żadnym wypadku) zinterpretował Pięcioksiąg i Nowy Testament z racjonalnego punktu widzenia wskazując w nich niespójności i anachronizmy. Motto z okładki książki podsumowuje: Jeżeli Biblia jest dziełem inspirowanym przez Boga, czy nie powinna być poprawna, spójna, prawdomówna, inteligentna, słuszna i piękna?