Wysunięto wówczas wobec niej nieprawdziwy zarzut zaniedbania w pracy, miało to także doprowadzić do jej zwolnienia. W obronie Aliny Pienkowskiej załoga Elmoru wystosowała petycję do dyrektora PZOZ, pod którą podpisało się około 300 osób. Przeniesienie utrzymano w mocy, pozostała jednak zatrudniona jako pielęgniarka.
14 sierpnia 1980, w dniu rozpoczęcia strajku w Stoczni Gdańskiej i tym samym wydarzeń sierpniowych, Alina Pienkowska przekazała do Radia Wolna Europa (za pośrednictwem Jacka Kuronia) postulaty strajkujących stoczniowców i apel o pomoc żywnościową. 15 sierpnia została przewodniczącą Komitetu Strajkowego w Przemysłowym Zakładzie Opieki Zdrowotnej, a po ukonstytuowaniu się MKS weszła w skład jego prezydium. Była współredaktorką listy 21 postulatów MKS i autorką postulatu numer 16, dotyczącego poprawy funkcjonowania i dostępności opieki zdrowotnej dla Polaków. Jako członkini Prezydium MKS należała do sygnatariuszy porozumień sierpniowych. Wynegocjowała także zgodę rządu na zwolnienie z aresztu osób wspomagających akcję protestacyjną (m.in. Mirosława Chojeckiego).