Po przekształceniu się MKS w Międzyzakładowy Komitet Założycielski Niezależnych Samorządnych Związków Zawodowych (od 17 września 1980 z nazwą „Solidarność”) aktywnie uczestniczyła w zakładaniu struktur związkowych w Polsce. Została wybrana na przewodniczącą w swojej macierzystej organizacji zakładowej, zaangażowała się w działalność struktur Komisji Koordynacyjnej NSZZ „Solidarność” Służby Zdrowia. Przewodniczyła Krajowej Sekcji Służby Zdrowia „Solidarności”.

W trakcie strajku okupacyjnego w Sali Herbowej Urzędu Wojewódzkiego w Gdańsku została przewodniczącą komitetu strajkowego służby zdrowia. Protest, który rozpoczął się 7 listopada 1980 po zerwaniu rozmów między przedstawicielami solidarnościowej służby zdrowia a stroną rządową w sprawie podniesienia płac, trwał 10 dni. Zakończył się podpisaniem porozumienia gwarantującego środowisku służby zdrowia „możliwość dalszych negocjacji postulatów oraz znaczącą kwotową podwyżkę płac”. Piotr Mierzewski, bliski współpracownik Aliny Pienkowskiej, jej postawę z tamtych wydarzeń wspominał następująco:

W lipcu 1981 została wybrana do prezydium zarządu Regionu Gdańskiego na I Walnym Zebraniu Delegatów NSZZ „Solidarność” w regionie.