29 listopada tegoż roku zrezygnowała z tej funkcji, motywując to protestem wobec metod kierowania związkiem przez Lecha Wałęsę.
13 grudnia 1981, na podstawie decyzji nr 167 wydanej przez komendanta wojewódzkiego MO w Gdańsku, została internowana. Przebywała w Areszcie Śledczym w Gdańsku, Zakładzie Karnym w Bydgoszczy-Fordonie, a od 10 stycznia 1982 w ośrodku odosobnienia w Gołdapi. 23 lipca 1982 internowanie uchylono, a 5 sierpnia zakończono prowadzenie operacji o kryptonimie „Pielęgniarka”. Po powrocie do Gdańska Alina Pienkowska nie zaprzestała działalności antykomunistycznej, współpracując z Regionalną Komisją Koordynacyjną NSZZ „Solidarność”. Z tego powodu w styczniu 1985 funkcjonariusze SB objęli ją obserwacją w ramach SOR o kryptonimie „Gniazdo”, prowadzonej w ramach Inspektoratu 2 WUSW w Gdańsku. Od lutego 1988 jej inwigilację kontynuowano w ramach SOR kryptonim „Sabat-2”.
Alina Pienkowska nie wzięła udziału w obradach Okrągłego Stołu, sama zgadzała się z jego przesłaniem. Kwestię tę motywowała następująco: