Zespół Szkół Katolickich im. ks. Jana Długosza zaczął funkcjonować 1 września 2003 roku. Historia funkcjonowania placówki szkolnej im. ks Jana Długosza we Włocławku sięga jednak roku 1916, kiedy to ówczesny biskup włocławski, Stanisław Zdzitowiecki, otrzymał zezwolenie od okupacyjnych władz niemieckich na otwarcie szkoły w Pałacu Biskupim. Szkoła wyposażona jest w internat bezpośrednio dobudowany do budynku szkoły. Placówka jako jedna z dwóch szkół w Polsce wyposażona jest w najnowocześniejszy sprzęt dydaktyczny – w każdej sali lekcyjnej zamontowane są tablice interaktywne z dostępem do internetu. W szkole zamontowanych zostało 28 tablic o przekątnej 88 cali. Od 2001 roku w szkole funkcjonuje monitoring, który obejmuje prawie każdą salę lekcyjną, korytarze, szatnie i inne pomieszczenia szkolne. Uczniowie wraz z nauczycielami mają ujednolicone stroje (mundurki).