Historia thumb|left|180px|Główne wejście Pierwsze informacje nt. szkoły im. ks. Jana Długosza we Włocławku pochodzą z 1916 roku, kiedy to biskup włocławski uruchomił w swoim pałacu szkołę. Szkoła w Pałacu funkcjonowała do 1920 roku, kiedy to bolszewicy spalili Pałac Biskupi. Nie oznaczało to zawieszenia funkcjonowania ówczesnego Gimnazjum im. ks. Jana Długosza. Szkoła została przeniesiona naprzeciw włocławskiej katedry, do budynku dawnej sufraganii biskupa pomocniczego diecezji włocławskiej, biskupa Feliksa Lewińskiego i funkcjonowała tam aż do 1926 roku. W tym czasie, a dokładniej 29 września 1925 roku, biskup Stanisław Zdzitowiecki poświęcił kamień węgielny pod budowę nowego gmachu szkoły przy ulicy Łęgskiej 26, w którym nadal mieści się szkoła. Budynek wzniesiony został dzięki ofiarności całej Diecezji Włocławskiej. Jednak biskup Zdzitowiecki nie doczekał dnia poświęcenia nowego budynku szkoły, dokonał tego biskup Władysław Krynicki 7 października 1927 roku. Szkoła działała do 1939 roku. W tym czasie dokończono budowę sali gimnastycznej i internatu, które poświęcił biskup Karol Radoński 4 października 1934 roku.