Diecezja włocławska dopiero w 1989 roku odzyskała prawo własności do całego gmachu. Budynek został wydzierżawiony na użytek Zespołu Szkół Samochodowych do czasu budowy nowego obiektu dla tej szkoły. Cały budynek Władze Miasta Włocławek przekazały diecezji w 2001 roku. Diecezja od razu przystąpiła do reaktywacji działalności szkoły i 1 września 2001 roku funkcjonowało już Publiczne Gimnazjum im. ks. Jana Długosza, rok później (1 IX 2002) uruchomiono działalność Publicznego Liceum im. ks. Jana Długosza, a od 1 września 2003 roku funkcjonuje już Zespół Szkół Katolickich ks. Jana Długosza.
W 2000 roku biskup Bronisław Dembowski powołał Komisję ds. Gimnazjum i Liceum im. ks. Jana Długosza oraz mianował dyrektorem szkoły ks. dr. Jacka Kędzierskiego. Przewodniczącym komisji został biskup pomocniczy Roman Andrzejewski. Komisja utworzyła Fundację im. ks. Jana Długosza, której celem było wspieranie diecezji w przeprowadzeniu remontu i urządzaniu szkoły.
Od 2013 roku w Zespole Szkól Katolickich funkcjonuje również szkoła podstawowa.
Od 1 września 2016 roku w ramach ZSK działa publiczne przedszkole „Pod Aniołem Stróżem”, podobnie jak podstawówka ulokowane w budynku przy ul. Wojska Polskiego 2a.
W 2016 roku odbyło się uroczyste upamiętnienie 100-lecia szkoły. thumb|250px|Widok od tyłu.