II Wojna światowa spowodowała zawieszenie działalności szkoły. Niemieckie władze Włocławka (ówczesnego Leslau) zajęły budynek i przemianowały go na szpital wojskowy. Po zakończeniu wojny obiekt przejęła Armia Radziecka. Następowały wtedy częste zmiany właściciela budynku – na krótki czas zwrócono budynek Kościołowi, następnie na krótko szkołę zajęło wojsko ludowe, po czym ponownie oddano obiekt Diecezji Włocławskiej, która zaczęła prowadzić w tym gmachu Szkołę Podstawową, Gimnazjum i Liceum. Ostateczny kres działalności placówki podczas lat PRL dał rok 1949, kiedy komunistyczna władza zamknęła Szkołę im. ks. Jana Długosza. Część gmachu zajęła państwowa Szkoła powszechna, a część Niższe Seminarium Duchowne (1949–1961) i Wyższe Seminarium Duchowne (1954–1958). W 1961 roku władza ostatecznie przejęła cały obiekt na własność. W tym samym roku też w gmachu przy Łęgskiej otwarto Studium Nauczycielskie, a w 1965 roku gmach oddano na użytek Zespołu Szkół Mechanicznych. Od 1972 roku z obiektu korzystała również młodzież Zespołu Szkół Samochodowych.