thumb|upright|Thomas Schaaf thumb|upright|Klaus Allofs Odniósł też sukcesy na arenie międzynarodowej, tzn. wywalczył Puchar Zdobywców Pucharów w roku 1992 pokonując w drodze do finału w dwumeczu rumuński FC Bacau aż 11:0, pokonane zostały także takie kluby jak Ferencvarosi TC, Galatasaray SK i Club Brugge KV, a w finale na Estadio da Luz w Lizbonie AS Monaco 2:0. Po odejściu Rehhagela w 1995 klub przeżywał kryzys. Dopiero w 1999 do trofeów klub dodał Puchar Niemiec a szóste miejsce na koniec sezonu w Bundeslidze w sezonie 2001/2002 dało Werderowi przepustkę do Pucharu UEFA, przygoda ta nie była długa, klub odpadł w drugiej rundzie ulegając holenderskiemu SBV Vitesse.
mały|lewo|Kibice Werderu po zdobyciu DFB Pokal w 2004 roku W 1999 trenerem został Thomas Schaaf. W 2004 drużyna zdobyła swoje czwarte mistrzostwo Niemiec w historii, zapewniając sobie tytuł na dwie kolejki przed zakończeniem rozgrywek. Także w 2004 zdobyli Puchar Niemiec pokonując w finale Allemanię Aachen 3:2, stając się czwartą drużyną w historii niemieckiej piłki, która wywalczyła dublet w jednym sezonie. Werder w tym sezonie miał dwóch kluczowych zawodników którzy w znacznej części przyczynili się do zwycięstwa. Byli to Aílton i Johan Micoud. Werder zakończył sezon z dubletem i dodatkowo z królem strzelców – Ailtonem.