Tuż po sezonie z Werderu odszedł Ailton do FC Schalke 04, ale dołączył kolejny super snajper Miroslav Klose. W następnym sezonie klub występował w lidze mistrzów, zajmując drugie miejsce w grupie, za Interem Mediolan, awansował do najlepszej 16, w dwumeczu z Olympique Lyon Werder przegrał 2:10. Sezon 2004/2005 ukończył na 3 miejscu co dało drużynie prawo do udziału w kwalifikacjach do Ligi Mistrzów. Po sezonie odszedł bardzo ważny gracz w Werderze – Johan Micoud do Gironde Bordeaux. Kibice nie wierzyli, że uda się znaleźć godnego następcę, ale okazało się, że można. Werder znalazł równego poziomowi Micoud, albo może jeszcze lepszego – Diego z FC Porto. W sezonie 2005/2006 w ostatniej kolejce zdobyli wicemistrzostwo pokonując w ostatniej kolejce Hamburger SV 2:1. Diego uznano za najlepszego zawodnika Bundesligi w tym sezonie, a Miroslav Klose został królem strzelców W sezonie 2006/2007 Werder zajął trzecie miejsce strzelając najwięcej bramek. W przerwie letniej super snajper Werderu Mirosław Klose przeszedł do odwiecznego rywala – Bayernu Monachium.