Drużynę z Weserstadion zaopatrzono jednak w innych znakomitych graczy jak Theodor Gebre Selassie, który zachwycił swą formą na Euro 2012 czy Eljero Elia. Sezon 2012/2013 przyniósł ze sobą wielkie zmiany. Po 13 latach sprawowania funkcji dyrektora sportowego zespół opuścił na rzecz Vfl Wolgsburg Klaus Allofs. Jego miejsce zajął Thomas Eichin. Z drużyna pożegnał się także jej długoletni trener Thomas Schaaf. W ten sposób zakończył się dla Werderu pewien etap. Sezon zespół zakończył na 14 miejscu. Również początki kolejnego 2013/2014 nie były szczęśliwe. Po raz kolejny bowiem ekipa z Weserstadion odpadła w 1 rundzie pucharu Niemiec ulegając trzecioligowej drużynie FC Saarbrucken. Jednak w lidze klub w pierwszych 2 kolejkach poradził sobie dobrze wygrywając mecze po 1-0.Bundesliga niemiecka w piłce nożnej (2013/2014) – Wikipedia, wolna encyklopedia. W sezonie 2015/16 trenerem drużyny jest Wiktor Skrypnyk, a jego asystentem jest Torsten Frings. Po nieudanym początku sezonu 2016/17 Wiktora Skrypnyka zastąpił Alexander Nouri.
Herb klubu