Z drużyny odszedł jednak jej lider – Mesut Özil. Werder zakwalifikował się do fazy grupowej Ligi Mistrzów pokonując w dwumeczu Sampdorię Genuę 5:4. Drużyna nie była jednak w stanie poradzić sobie w tych rozgrywkach i zajęła ostatnie miejsce w swojej grupie, ulegając takim zespołom jak Inter Mediolan, Tottenham Hotspur i FC Twente. W dodatku w letnim okienku zimowym ekipę’ z Weserstadion opuścił Hugo Almedia. Portugalski napastnik został sprzedany do Besiktasu Stambuł za dwa miliony euro. Na jego miejsce został sprowadzony szwedzki piłkarz Denni Avdić. Ostatecznie drużyna zakończyła sezon na 13 miejscu tracąc tym samym szansę na walkę o europejskie puchary. W letnim okienku z klubu odszedł jego kapitan Torsten Frings. Opaskę po nim przejął Clemens Fritz. W sezonie 2011/2012 ekipa z Bremy już w pierwszej rundzie odpadła z Pucharu Niemiec ulegając trzecioligowemu FC Heidenheim. W tabeli zaś zajęli dziewiąte miejsce. Kolejnym ciosem dla Werderu było to, że ich najlepszy strzelec Claudio Pizarro zdecydował się na odejście do Bayernu Monachium. Na jego miejsce z drużyny Bawarczyków wypożyczono Nilsa Petersena. Oprócz Pizarro zespół opuścili też inni czołowi gracze jak Marko Marin, Tim Borowski, Naldo czy Markus Rosenberg.