Był w grupie rdzennych Amerykanów, którzy powitali papieża Jana Pawła II, gdy ten przybył do Phoenix podczas swojej pielgrzymki do Stanów Zjednoczonych w 1987 roku.
11 kwietnia 1988 roku Chaput został mianowany biskupem Rapid City przez Jana Pawła II. Sakrę biskupią otrzymał 26 lipca następnego roku z rąk arcybiskupa Pio Laghiego, arcybiskupa Johna Roacha, a także arcybiskupa (późniejszego kardynała) Jamesa Stafforda – służącego jako współkonsekrator. Tym samym stał się drugim amerykańskim biskupem spośród rdzennych Amerykanów obok , pierwszym biskupem powołany jako biskup diecezjalny, a nie pomocniczy lub tytularny. Jego motto biskupie to: As Christ Loved the Church (Ef 5,25).
18 marca 1997 bp Chaput został mianowany arcybiskupem Denver, gdyż dotychczas zajmujący to stanowisko arcybiskup James Stafford został wybrany przewodniczącym Papieskiej Rady ds. Świeckich w Kurii Rzymskiej. 8 lipca 2009 roku Charles Chaput został wybrany przez papieża wizytatorem w zakonie „Legion Chrystusa” w Stanach Zjednoczonych i Kanadzie [zarchiwizowano 2016-03-04]..
9 maja 2007 roku, w wieku 96 lat zmarła jego matka. Chaput przewodniczył mszy pogrzebowej.
19 lipca 2011 zastąpił kardynała Justina Rigaliego na stanowisku arcybiskupa Filadelfii.