8 września 2011 odbył się uroczysty ingres do katedry w Filadelfii.
23 stycznia 2020 przeszedł na emeryturę.
Kontrowersje Arcybiskup Chaput wypowiada się regularnie na kontrowersyjne tematy, nierzadko stojąc w opozycji do stanowiska Konferencji Biskupów Katolickich Stanów Zjednoczonych. Krytykował pozytywną recenzję tamtejszego Episkopatu o filmie Złoty kompas. Wezwał katolickich polityków, stojących w opozycji do niektórych nauk Kościoła, do dobrowolnego wstrzymania się od przyjmowania komunii. W wywiadzie dla „The New York Times” z 2004 roku, Chaput stwierdził, że katolicy głosujący na demokratę Johna Kerry’ego są współpracownikami zła i natychmiast powinni udać się do spowiedzi. Dodatkowo w jego ocenie niektóre wypowiedzi dla NYT zostały przedstawiony przez pracowników gazety w złym świetle, co zaowocowały bojkotem wydawnictwa. Był przez to postrzegany jako jeden z tych biskupów, próbujących wpłynąć na wyniki wyborów, a jego poglądy miały prowadzić do upolitycznienia teologii moralnej. Chaput skrytykował również Baracka Obamę mówiąc, że w demokracji należy wybrać urzędników, nie mesjasza. Twierdził, że Obama maskuje swój udział w rozprzestrzenianiu się aborcji, mówiąc o jedności, nadziei i zmianach.