Przechodziły one teraz w gestię i pod opiekę wyspecjalizowanych zakładów naukowych (zbiory przyrodnicze, archeologiczne, galeria obrazów) i tylko Biblioteka pozostała agendą Towarzystwa, choć z powodu kłopotów finansowych przeszła czasowo na utrzymanie Biblioteki Uniwersyteckiej, uzupełniając jej braki w zakresie starszej polskojęzycznej literatury naukowej o księgozbiór liczący już wówczas 120 tys. woluminów. Po przejściu dra Bolesława Erzepkiego na emeryturę w 1919 r. jego miejsce zajęła dr Ludwika Dobrzyńska-Rybicka (1868-1958), jedna z pierwszych Polek szczycących się posiadaniem tytułu doktora filozofii obronionego na uniwersytecie w Zurychu, profesor UP. Kierowała ona pracami Biblioteki do 1937 r. W latach 1919–1927 Biblioteka posiadała prawo do egzemplarza obowiązkowego druków tłoczonych na terenie dawnego zaboru rosyjskiego. Od roku 1927 egzemplarz przeszedł do Biblioteki Uniwersyteckiej w Poznaniu. Do roku 1930 z Biblioteki Towarzystwa wypożyczano rocznie więcej dzieł niż z Biblioteki Uniwersyteckiej. Głównym źródłem nabytków bibliotecznych stała się w tym czasie wymiana wydawnictw Towarzystwa, prowadzona z kilkudziesięcioma instytucjami naukowymi na wszystkich kontynentach. W 1937 r.