Specjalnego pozwolenia na udział zakonników w zbrojnej obronie udzielił papież Klemens VII w 1523.
Do 1518 przy klasztorze funkcjonował nowicjat, do którego wstępowali młodzieńcy z okolicy. Bernardyni oddziaływali na region poprzez szeroko zakrojoną działalność duszpasterską. Działały tu bractwa: św. Anny i Paska św. Franciszka z Asyżu, zrzeszające licznie szlachtę i mieszczan. Zakonnicy otaczali duchową opieką siostry bernardynki-koletki posiadające w mieście swój klasztor.
W 1577 klasztor bernardynów w Przeworsku odwiedził król Stefan Batory.
XVII–XVIII wiek W latach 40. XVII w. przeprowadzono barokizację kościoła z inicjatywy o. Franciszka z Przeworska, ówczesnego prowincjała i o. Ludwika Brzeziny, gwardiana klasztoru. Na placu kościelnym wzniesiono krużganki procesyjne. Działał tu wówczas o. Franciszek Lekszycki, bernardyński malarz, który pozostawił po sobie obrazy św. Antoniego z Padwy i św. Barbary.
O znaczeniu konwentu w tym czasie świadczy fakt umieszczenia tu w 1664 studium języka łacińskiego i teologii moralnej, a także zorganizowanie dwóch kapituł prowincji ruskiej - w 1646 i 1690.
Głównymi dobrodziejami klasztoru byli wówczas książęta Lubomirscy – właściciele miasta Przeworska.