Na początku XVIII w. wspólnota klasztorna została doświadczona obecnością w konwencie wojsk uczestniczących w III wojnie północnej.

Ostatnim wybitnym gwardianem doby staropolskiej był o. Tacjan Schuldes, przełożony w latach 1768-1790, który troszczył się o stan materialny obiektu oraz poziom życia zakonnego i duszpasterstwa.

Pod zaborem austriackim W wyniku I rozbioru Polski klasztor znalazł się na terenie Arcyksięstwa Austriackiego. Nastąpiło wówczas zmniejszenie obsady personalnej. Zakonnicy byli ponadto zmuszeni obejmować funkcje administratorów parafii, nawet w odległych miejscowościach. Austriacy dokonali w latach 1793-1811 konfiskaty cenniejszych paramentów liturgicznych i wotów.

W 1822 biskupi galicyjscy postanowili umieścić w części zabudowań klasztornych dom poprawczy dla kapłanów diecezjalnych pochodzących z obszaru całej Galicji. Władze zakonne próbowały przeciwstawić się takiemu rozwiązaniu, zwracając się w 1823 do cesarza Franciszka I o cofnięcie decyzji, lecz bezskutecznie. Pomieszczenia dla księży zlokalizowano w południowym i zachodnim skrzydle konwentu. Domem poprawczym kierował rektor wyznaczany przez ordynariusza przemyskiego. Relacje pomiędzy rektorem a przełożonym klasztoru nie układały się pomyślnie.