Tragiczne w dziejach świątyni okazało się dopiero jej zamknięcie przez władze komunistyczne w 1946 i przeznaczenie na magazyn. W rezultacie nastąpiła dewastacja budowli, część wyposażenia uległa zniszczeniu i rozproszeniu. Sprofanowana została krypta grobowa Żółkiewskich, Daniłowiczów i Sobieskich, porozbijano nagrobki Sobieskich, spalone zostały ławki i konfesjonały, a obrazy i wyposażenie zakrystii w większości zostały dzięki inicjatywie dyrektora Lwowskiej Galerii Obrazów, Borysa Woźnickiego przeniesione do magazynu galerii w dawnym klasztorze kapucynów w Olesku, gdzie szczęśliwie przetrwały (jeden z obrazów – „Matka Boska z Dzieciątkiem”, przypisany włoskiemu malarzowi Carlo Dolci, trafił do petersburskiego Ermitażu).
W 1989, po długotrwałych staraniach ks. Ludwika Kamilewskiego, świątynię odzyskała miejscowa rzymskokatolicka wspólnota parafialna. Przemiany polityczne, jakie zaszły na Ukrainie w latach następnych, pozwoliły na podjęcie zakrojonych na szeroką skalę prac porządkowych i konserwatorskich.