W latach 1989–2009 przy restauracji świątyni wzięło udział ok. stu polskich konserwatorów i studentów konserwacji Akademii Sztuk Pięknych z Warszawy, Krakowa i z Torunia. Finansowo dzieło wspierali darczyńcy z Polski, tak prywatni, jak i instytucjonalni: Wojsko Polskie, Gmina Stołecznego i Królewskiego Miasta Krakowa, Fundacja Ochrony Zabytków w Warszawie, Senat Rzeczypospolitej Polskiej, Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego, Stowarzyszenie „Wspólnota Polska”. Działania te wspierało także ukraińskie Towarzystwo Ochrony Zabytków we Lwowie.
W ciągu 20 lat prac konserwatorskich m.in.: wymieniono miedziane pokrycie dachu, uporządkowano kryptę grobową i naprawiono znajdujące się w niej marmurowe sarkofagi, odnowiono i uzupełniono trzy ołtarze, stalle i ambonę, zrekonstruowano rzeźby i inskrypcje nagrobków autorstwa Schlütera, zakonserwowano marmurowe nagrobki, epitafia i tablice pamiątkowe.
Odnowiono marmoryzację ścian oraz sklepienia naw i prezbiterium, włącznie z dekoracją rzeźbiarską.
Na konserwację czekają nadal elewacje świątyni wraz z fryzem kamiennym oraz stojąca nieopodal dzwonnica.