Doradca zastępcy dyrektora ds operacyjnych W kwietniu 1972 roku Shackley powrócił do centrali CIA, gdzie został szefem Wydziału Półkuli Zachodniej w Zarządzie Planowania, następnie w maju 1973 r. został szefem Wydziału Azji Wschodniej w Zarządzie Operacyjnym CIA. (Zarząd Operacyjny – były Zarząd Planowania W marcu 1976 roku, doradca zastępcy dyrektora ds operacji CIA, współpracował wówczas z ówczesnym dyrektorem Centrali Wywiadu (tym samym szefem CIA), późniejszym 41. prezydentem USA George’em H.W. Bushem. Odwołany z tego stanowiska 1979 roku. Następca Busha na stanowisku DCI, admirał Stansfield Turner, twierdził, że powodem odwołania go z tego stanowiska były prawdopodobnie bardzo bliskie stosunki z Edwinem Wilsonem, byłym pracownikiem CIA, który po odejściu z agencji zajmował się handlem i przemytem broni, za co został przed jego odejściem aresztowany.

RAI i praca autorska Po odejściu z CIA Theodore Shackley, założył własną bardzo dobrze prosperującą kompanię, o nazwie Research Associates International – RAI, zajmującej się zbieraniem informacji dla wielkich korporacji biznesowych. W późniejszych latach był zamieszany w tzw. aferę Iran-Contras, z której udało mu się wyjść bez szwanku.