Po powstaniu warszawskim opuścił Warszawę, a po zakończeniu wojny osiadł w Lublinie.
Polska Rzeczpospolita Ludowa W 1945 powołany został do Państwowej Rady Zdrowia, organu doradczego przy ministrze zdrowiaSadowska, J., Zmiany systemowe w służbie zdrowia 1945-1955 (na przykładzie Łodzi), wyd. Akademia Medyczna w Łodzi, Łódź 2002, s. 76.. Chodźko zaangażował się w odtwarzanie życia organizacji o charakterze charytatywnym i samorządowym. W 1945 został prezesem Zarządu Warszawskiego Towarzystwa Pomocy Lekarskiej i Opieki nad Umysłowo i Nerwowo Chorymi. W tym samym wszedł w skład Tymczasowego Zarządu Naczelnej Izby Lekarskiej. Oprócz tego Chodźko podjął pracę naukową na Wydziale Lekarskim Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej w Lublinie jako profesor nadzwyczajny Katedry Higieny Ogólnej. Z kolei od 1947 profesor zwyczajny i kierownik Katedry Higieny Ogólnej i Społecznej Wydziału Lekarskiego UMCS. Działał w zakresie spraw zdrowotnych w Polskim Komitecie Opiekuńczym miasta stołecznego Warszawy i był zastępcą prezesa Stołecznego Komitetu Samopomocy Społecznej. Był pracownikiem biblioteki Państwowej Szkoły Higieny i naczelnym lekarzem Grodziskiego Oddziału Polskiego Czerwonego Krzyża.