Wojna domowa, więzienie i śmierć 1937-1942 W okresie wojny domowej w latach 1936–1939 służył jako oficer w armii republiki. W lutym 1937 był obecny w bitwie pod Terruel a w marcu tego roku ożenił się z Josefiną Manresą. Wziął udział w II Kongresie Intelektualistów w obronie kultury, który miał miejsce w Walencji. Wyjechał do Związku Radzieckiego jako część delegacji hiszpańskiej na V Festiwal Teatru. W tym samym okresie opublikował Viento del pueblo, Teatro en la guerra i El labrador de más aire. W grudniu tego samego roku urodził się jego pierwszy syn Manuel Ramón. Po śmierci syna w 1938 opublikował Cancionero y romancero en ausencias. W 1939 urodził się jego drugi syn Manuel Miguel. Tego samego roku Franco ogłosił koniec wojny a Hernández próbował uciec do Portugalii. Po zatrzymaniu przez straż graniczną został odesłany do więzienia Toriijos w Madrycie, gdzie napisał Las nanas de la cebolla. W 1940 został skazany na karę śmierci. Jednak kara ta została zamieniona na 30 lat więzienia. W 1941 został przeniesiony do więzienia w Alicante, gdzie zachorował na gruźlicę.