Został również mianowany naczelnym dowódcą wojsk brytyjskich na Bliskim Wschodzie.
W styczniu 1943 uczestniczył w konferencji sprzymierzonych w Casablance, gdzie powierzono mu dowodzenie 18 Grupą Armii, walczącą w Afryce Północnej. Dowodził nią podczas walk w Tunezji. Był również zastępcą głównodowodzącego aliantów w Afryce Północnej, generała Dwighta D. Eisenhowera. Dowodził operacją lądowania aliantów na Sycylii w lipcu 1943. Później został głównodowodzącym wojsk we Włoszech i marszałkiem polnym, zaś od 1944 głównodowodzącym wojsk na obszarze Morza Śródziemnego. Bezpośrednio dowodził również 15 Grupą Armii (podlegał mu m.in. 2 Korpus Polski gen. Władysława Andersa). Po przełamaniu obrony niemieckiej na linii Gustawa Alexander wydał generałowi Markowi Clarkowi, dowódcy amerykańskiej 5 Armii, rozkaz zamknięcia w kotle wycofujących się z linii Gustawa dywizji niemieckich, ale Clark rozkazu nie wykonał i podjął marsz na Rzym. Stolica Włoch została zdobyta 4 czerwca, ale ta decyzja Clarka umożliwiła odwrót większej części wojsk niemieckich i odbudowanie ich linii obronnych.