Przybywający osadnicy, nastawieni początkowo na uprawę ziemi, szybko przekonywali się, że warunki środowiska na to nie pozwalają. Dla wielu naturalnym kierunkiem działalności stało się zatem wybrzeże zatoki, gdzie powstały liczne niewielkie wsie. Już od pierwszych dni istnienia osady jej mieszkańcy prowadzili ożywioną wymianę barterową z Indianami (łatwo dostępne ryby wymieniano na futra). W krótkim czasie nastąpił gwałtowny wzrost handlu między osadami sytuowanymi wzdłuż całej zatoki. W 1689 roku doszło w mieście do tzw. rewolty bostońskiej, w czasie której mieszkańcy zbuntowali się przeciwko rządom Edmunda Androsa – znienawidzonego gubernatora tzw. Dominium Nowej Anglii.
Miasto sukcesywnie rozrastało się w kierunkach zachodnim i południowo-zachodnim, a w 1874 do Bostonu przyłączono znajdujące się od wschodu Charlestown – miasto założone w 1628, stolicę kolonii Massachusetts Bay.