Według opisu wizytacyjnego z 1595 r. zajęcia szkolne odbywały się w murowanym budynku szkolnym, który zawierał kilka izb. Budynek ten usytuowany był po zachodniej stronie kościoła farnego, na obrzeżu przykościelnego cmentarza, w miejscu zajmowanym obecnie przez kamienicę przy ulicy Przyrzecze 2. W 1699 r. budynek był już zrujnowany, wobec czego ówczesny komendarz farny urządził w nim oborę dla zwierząt, a uczniów przeniesiono do jednoizbowego budynku, wzniesionego dla nich przy wschodnim murze zakrystii. W izbie stały ławki i kaflowy piec
Dzieje budynku po 1920 r. W 1947 roku budynek adaptowano na przedszkole parafialne. Był on częścią majątku parafii farnej. W 1982 r. nowo mianowany wikariusz biskupi dla miasta Bydgoszczy Jan Wiktor Nowak zainicjował powołanie w mieście Prymasowskiego Instytutu Kultury Chrześcijańskiej im. Stefana kardynała Wyszyńskiego, który zlokalizowano w rozpatrywanym budynkuKutta Janusz. Wikariusz biskupi prymasa Polski w Bydgoszczy. [w.] Kronika Bydgoska – tom specjalny wydany z okazji wizyty papieża Jana Pawła II w Bydgoszczy. Bydgoszcz 1999. W roku akademickim 1988/1989 uzyskał on status wyższej uczelni na prawach państwowych. W 1990 r. został afiliowany do Papieskiego Wydziału Teologicznego w Poznaniu. Od 1998 r.