98..
W roku 1936 przeniósł się do Wilna, gdzie aż do momentu zamknięcia Uniwersytetu Stefana Batorego (15 grudnia 1939 roku) wykładał etykę, estetykę, teorię wartości i historię filozofii. Był też inicjatorem i współzałożycielem wileńskiego Klubu Demokratycznego.
Okres okupacji hitlerowskiej spędził w Wilnie, nauczając w ramach tajnych kompletów i biorąc udział w tajnych posiedzeniach Wileńskiego Towarzystwa Filozoficznego. Utrzymywał się z prac dorywczych, był np. stróżem nocnym w zakładzie stolarskim.
10 stycznia 1945 wystawiono Elzenbergowi kartę ewakuacyjną, 20 marca uzyskał od władz radzieckich zezwolenie na wywóz biblioteki naukowej. Opuścił Wilno wraz z ową biblioteką dnia 25 marca 1945 roku. Pół roku spędził w Lublinie, wykładając literaturę francuską na KUL, po czym jesienią tego samego roku przeniósł się na stałe do Torunia.
W październiku 1945 uzyskał tymczasową, a w kwietniu 1946 stałą nominację na profesora zwyczajnego w II Katedrze Filozofii Uniwersytetu Mikołaja Kopernika. Prowadził wykłady i seminaria z aksjologii i historii filozofii aż do roku 1950, w którym został przez komunistyczne władze odsunięty od zajęć dydaktycznych za „niepoprawny idealizm”.