Na Uniwersytet wrócił w październiku roku 1957 jako kierownik Katedry Filozofii. W roku 1960, w wieku 73 lat, przeszedł na emeryturę. Dalej aktywnie pracował naukowo, aż do zachorowania na nowotwór szpiku kostnego w roku 1965. Zmarł 6 kwietnia 1967 roku, pochowany został na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (kwatera K-2-30/31).
Twórczość Elzenberg pisał wiele, lecz znaczna część jego pism pozostała, z różnych powodów, w rękopisach. Długo pracował nad całościowym wykładem swego systemu aksjologicznego, którego ostatecznie nie ukończył (w czym zresztą nie widział porażki, pisał pod koniec życia, że zrozumiał, że system zamkniętych twierdzeń nie jest właściwą formą dla jego filozofii; uważał filozofię raczej za pewną postawę psychiczną i życiową), przez całe życie zabierając na łamach czasopism i podczas konferencji filozoficznych głos w sprawach filozoficznych, a także krytyczno-literackich.
Pod koniec wydał Elzenberg trzy książki. Pierwszą z nich był Kłopot z istnieniem, unikatowy w polskim piśmiennictwie dziennik filozoficzny, prowadzony przez prawie 56 lat (w latach 1907–1964). Dwie pozostałe, Próby kontaktu i Wartość i człowiek były autorskim wyborem esejów i szkiców, które uważał Elzenberg za najistotniejszą część swej spuścizny.