Po III rozbiorze Polski, część diecezji leżąca po prawej strony Bugu znalazła się w zaborze pruskim (do 1807) – w diecezji wigerskiej (1799). Po traktacie tylżyckim tereny te zostały włączone do archidiecezji mohylewskiej. Od 1850 (formalnie od 1848) ziemie te objęła diecezja wileńska. W 1925 – w ramach reorganizacji granic diecezji katolickich w Polsce przez Piusa XI zabużańskie Podlasie weszło do diecezji pińskiej.
W okresie powojennym od 1950 terenem tej diecezji zarządzał administrator apostolski rezydujący w Drohiczynie. Ze względu na trudną sytuację polityczną, administratorzy apostolscy unikali nazwy diecezja pińska, a w to miejsce używali określenia diecezja w Drohiczynie n. Bugiem. W latach natężonych represji komunistycznych (1951–1957) diecezja prowadziła seminarium we współpracy z diecezją siedlecką. 7 stycznia 1957 ks. infułat Michał Krzywicki, administrator apostolski, powołał do istnienia własne Wyższe Seminarium Duchowne.