Do jej największych sukcesów w kolejnych latach należy przede wszystkim zwycięstwo we French Open w 2000, zarówno w grze pojedynczej, jak i podwójnej (w parze z Hingis). W finale singla pokonała Hiszpankę Martínez, w półfinale – swoją partnerkę deblową Hingis. Została pierwszą Francuzką od 1967 roku (Francoise Durr), która wygrała paryski turniej Wielkiego Szlema. Po tym sukcesie ponownie awansowała na pozycję nr 3 na świecie, tym razem także w klasyfikacji deblistek. Wcześniej w 2000 była w parze z Hingis w finale Australian Open w grze podwójnej, ale lepsza okazała się para amerykańsko-australijska Lisa Raymond/Rennae Stubbs. Późnym latem 2000 Pierce odniosła poważną kontuzję, która najpierw zmusiła ją do wycofania się z rywalizacji w US Open, a potem wykluczyła z gry do końca sezonu i na niemal cały rok 2001. W 2002, występując we French Open z tzw. „dziką kartą” (specjalnym zaproszeniem od organizatorów), dotarła do ćwierćfinału, w którym uległa późniejszej triumfatorce Serenie Williams;