Po sześciu latach pracy Porfiriusz podupadł na zdrowiu i za radą Plotyna wyjechał na Sycylię. W tym czasie w Rzymie doszło do zaburzeń, Plotyn wyjechał na wieś, gdzie wkrótce zmarł. Porfiriusz nie odwiedził mistrza, ale otrzymał od niego ostatnie rozprawy. Do Rzymu powrócił dopiero po 270 roku. Zyskał sławę znakomitego filozofa.
Najważniejszym wkładem Porfiriusza do filozofii są jego Introductio in Praedicamenta, wstęp do Kategorii Arystotelesa. Przetłumaczone przez Boecjusza na łacinę jako Isagoga były podstawowym podręcznikiem na średniowiecznych uniwersytetach i przyczyniły się do rozwoju badań w dziedzinie logiki i sporu o uniwersalia. Przedstawiona przez Porfiriusza metoda drzewa, czyli przedstawienie zależności rodzajów i gatunków w formie drzewa jest podstawą współczesnej taksonomii.
Był zaciekłym przeciwnikiem chrześcijaństwa i obrońcą religii pogańskich. Z 15 ksiąg jego dzieła Adversus Christianos (Przeciw chrześcijanom) zachowały się jedynie fragmenty. Polemizował z nim między innymi Euzebiusz z Cezarei, ale wraz ze spaleniem dzieła w roku 448 zaginęły też wszystkie pisma oponentów Porfiriusza.