W tym samym roku kancelaria Wielkiego Księstwa Litewskiego opublikowała dokument Zygmunta III, w którym między innymi zaznaczono, że proboszczem puńskiej parafii może być jedynie ksiądz znający język litewski.
W dokumencie z 1606 wspomniani są mieszczanie puńscy, zaś w 1612 Puńsk jest już nazywany miastem, chociaż prawa miejskie na prawie magdeburskim wraz z herbem z wizerunkiem św. Piotra otrzymał dopiero w 1647 z rąk króla Władysława IV. Był więc miastem królewskim. Wladysław IV nadal także miastu 60 włók. Puńsk obejmował ówcześnie trzy osobne jurysdykcje: miasto z własnym samorządem, dwór leśniczego i plebanię z ogrodnikami plebańskimi (Poświątne lub Juryzdyka Plebańska).
W tym czasie parafia Puńsk była podległa Biskupstwu w Wilnie, a później, od 1795, biskupstwu w Wigrach. Przy kościele działał szpital oraz szkoła parafialna.
W 1700 w Puńsku działała szkoła i szpital. W 1709 w okolicach Puńska miała miejsce epidemia morowego powietrza. W 1791 prawa miejskie zostały odnowione przez króla Stanisława Augusta Poniatowskiego.
Od ok. XV w. do 1795 kraina nazywana Sudowią należała do Wielkiego Księstwa Litewskiego, od 1569 w obrębie I Rzeczypospolitej. W wyniku III rozbioru Polski Puńsk znalazł się w zaborze pruskim, od 1807 część Księstwa Warszawskiego, a w 1815 przypadł Rosji.
.