Na przełomie XVIII i XIX w. Puńsk liczył 59 domów i 583 mieszkańców, a w . W 1800 władze pruskie włączyły Puńsk do nowo utworzonej ekonomii Maćkowo. W maju 1852 zlikwidowano targi i jarmarki, a miejscowość utraciła prawa miejskie z dniem 1 stycznia 1853Postanowienie z dnia 23 maja (4 czerwca) 1852 r, (ogłoszone) 13 (25) września 1852, Tom 45 s. 132-137. Puńsk liczył ówcześnie 76 chałup słabej jakości.
W 1881 w parafii żyło aż 1200 ludzi. Wtedy utworzono jeszcze dwie odrębne parafie: w Smolanach i Becejłach. W 1910 do parafii Puńsk należały 74 wsie z 7044 mieszkańcami.
Po I wojnie światowej, w latach 1919–1920, toczyły się między Polską a Litwą bitwy o Sudowię. W czasie wojny polsko-bolszewickiej w dniu 19 lipca 1920 miasto zostało zajęte przez wojska litewskie na mocy sojuszu z bolszewikami. Po Bitwie warszawskiej zdobyte przez wojska polskie.
W dwudziestoleciu międzywojennym działały tu, m.in. Stowarzyszenie św. Kazimierza, które z założenia miało na uwadze sprawy Kościoła, Stowarzyszenie „Rytas” – troszczyło się o litewskie szkolnictwo czy Spółdzielnia Rolnicza „Talka”.