W tym to okresie w Puńsku najwięcej było mieszkańców narodowości żydowskiej. Większa część handlu i usług skupiona była w ich rękach. Świadectwem tego są stare, pożydowskie domy, budynek synagogi oraz, położony w pobliżu miasteczka, duży cmentarz żydowski.
W 1934 nastąpił wielki pożar Puńska, po którym odbudowano miejscowość według nowych założeń urbanizacyjnych, które nadały mu charakter miasteczka. .
W latach 1954-1972 wieś była siedzibą gromady Puńsk. W latach 1975–1998 miejscowość położona była w województwie suwalskim.
Edukacja thumb|Szkoła Podstawowa z Polskim i Litewskim Językiem Nauczania im. Dariusa i Girenasa thumb|Liceum Ogólnokształcące z Litewskim Językiem Nauczania im. 11 Marca
W 1526, dekretem synodu papieskiego, nakazano założenie szkół w każdej parafii. Miały one działać od późnej jesieni do wiosny. Podstawowym podręcznikiem był katechizm. Taka szkoła działała także w Puńsku. Pierwsze wiadomości na jej temat pochodzą z końca XVII w.