Pierwotnie willa pełniła funkcję komfortowego mieszkania służbowego z ogrodem dla pierwszych dyrektorów naczelnych Państwowej Fabryki Związków Azotowych w Mościcach. W willi mieszkał, podczas swego pobytu w Mościcach, Eugeniusz Kwiatkowski. Przed II wojną światową budynek pełnił rolę reprezentacyjnego hoteliku. W czasie wojny była to siedziba niemieckiego naczelnego dyrektora fabryki oraz niemieckiego wojskowego sądu doraźnego Feldgericht. Po wojnie jej pomieszczenia zajmowały m.in. harcówka ZHP w Mościcach, Rada Zakładowa, Wojewódzka Rada Narodowa, Miejska Rada Narodowa, Towarzystwo Krzewienia Kultury Fizycznej, Koło Emerytów i Rencistów, Stowarzyszenie Inżynierów i Techników Przemysłu Chemicznego, Zakładowy Oddział Polskiego Towarzystwa Turystyczno-Krajoznawczego, wypożyczalnia sprzętu turystycznego, filia Politechniki Krakowskiej, filia Akademii Górniczo-Hutniczej, Dział Handlowy Zakładów Azotowych w Tarnowie-Mościcach, Dział Licencji Zakładów Azotowych w Tarnowie-Mościcach oraz Biuro Eksportu ONT i Usług Technicznych Zakładów Azotowych w Tarnowie-Mościcach. Kapitalny remont zespołu pałacowo-ogrodowego miał miejsce w latach 2010–2011. Obecnie Willa Kwiatkowskiego pełni funkcję reprezentacyjną. Właścicielem posiadłości jest Grupa Azoty S.A.M.