W 1526 roku powstała tu karczma wystawiona przez Jana Radziwiłła na skrzyżowaniu szlaków handlowych z Litwy i Białorusi do Prus, Warszawy i Krakowa.
Do wytyczania osady na północnym brzegu Netty skierowano w 1550 roku starostę knyszyńskiego Piotra Chwalczewskiego oraz architekta i inżyniera Joba Preytfusa. Augustów prawa miejskie magdeburskie otrzymał dopiero 17 maja 1557 rokuW 2007 roku miasto obchodziło 450-lecie nadania praw miejskich przez Zygmunta Augusta. od króla Zygmunta Augusta. Do roku 1569 Augustów należał terytorialne do Wielkiego Księstwa Litewskiego. W 1570 roku powstało starostwo augustowskie jako „separatum” ze starostwa knyszyńskiego. Po kilku latach prężnego rozwoju nastąpiła seria działań wojennych, doprowadzająca miasto do ruiny. Podczas potopu szwedzkiego miasto spalili zbuntowani Tatarzy z wojsk Jana Kazimierza, którzy byli niezadowoleni z podziału łupów z bitwy pod Prostkami (1656). W czasie trzeciej wojny północnej (1700–1721) w Augustowie stacjonowały w różnym czasie wojska polskie, szwedzkie, rosyjskie, saskie i brandenburskie. Wojska, oprócz zniszczeń, przyniosły zarazę (1710), która zdziesiątkowała miejscową ludność.