W okresie międzywojennym była jednym z najważniejszych symboli miasta i częstym tematem widokówek. Postać Neptuna, prócz kontekstu wody, miała nawiązywać do prowadzonego przez miejskich kupców handlu zamorskiego.
Fontanna uległa zniszczeniu pod koniec II wojny światowej, w czasie oblężenia Wrocławia, gdy zniszczony został cały Nowy Targ. Najprawodpodobniej zniszczenie fontanny miało miejsce 23 marca 1945 roku.
Poszukiwanie fragmentów fontanny po 1945 roku W październiku 2010 roku na Nowym Targu rozpoczęły się prace archeologiczne, poprzedzające budowę podziemnego parkingu. W pierwszych dniach znaleziono fragmenty torsu Neptuna, rękę, muszlę, kwiaty, a także elementy basenu i jego fundamentów oraz ceglane doprowadzenie wody.
Jak ustalił wrocławski historyk dr Tomasz Sielicki, podczas generalnego remontu fontanny na pl. Nowy Targ, który przeprowadzono w 1874 roku, oryginalną, barokową figurę Neptuna zastąpiła nowa rzeźba. To ona została zniszczona wiosną 1945 roku podczas oblężenia Wrocławia. Dr Sielicki postanowił odnaleźć monument. Według artykułów w prasie z okresu remontu fontanny wynikało, że oryginalny Neptun został przewieziony na prywatną posesję byłego radnego miejskiego, porucznika Carla Müllera w Wielowsi koło Sycowa, gdzie figura została odnaleziona jesienią w 2022 roku.