Rubio jest pierwszym Latynosem, który objął urząd sekretarza stanu. Został również pierwszym Latynosem pełniącym obowiązki doradcy ds. bezpieczeństwa narodowego 1 maja 2025 roku, po tym jak Trump ogłosił zamiar zastąpienia nim doradcy ds. bezpieczeństwa narodowego Mike'a Waltza. Rubio został tymczasowym doradcą ds. bezpieczeństwa narodowego, kontynuując jednocześnie służbę jako sekretarz stanu. Jest pierwszą osobą od pięćdziesięciu lat, łączącą funkcje sekretarza stanu i doradcy ds. bezpieczeństwa narodowego, od czasów Henry'ego Kissingera w 1975 roku. Rubio jest także pierwszym mieszkańcem Florydy pełniącym funkcję sekretarza stanu.
Poglądy polityczne Rubio był jednym z najbardziej konserwatywnych senatorów 117. Kongresu. Jest zdecydowanym przeciwnikiem aborcji. Powiedział, że zabroniłby jej nawet w przypadku gwałtu i kazirodztwa, ale z wyjątkami, gdy życie matki jest zagrożone. Wskazywał, że kwestia małżeństw jednopłciowych powinna pozostać w gestii stanów.
Jest zagorzałym zwolennikiem Izraela. Określił bojowników Hamasu mianem „dzikich zwierząt” i wskazał na konieczność zniszczenia przez Izrael każdego elementu Hamasu, „jaki im wpadnie w ręce”.