Johann Baptist Cysat, łac. Cysatus, fr. Jean-Baptiste Cysat (ur. w 1587, zm. 17 marca 1657) – szwajcarski matematyk, astronom i jezuita. Jego nazwiskiem został nazwany krater Cysatus na Księżycu.
Życiorys Urodził się w Lucernie. Był 8. z 14 dzieci Renwarda Cysata (1545–1614), urzędnika miejskiego, który wsławił się wydaniem pierwszej w Europie drukowanej książki o Japonii pt. „Von Japanischen den Inseln und Königreichen” („O japońskich wyspach i królestwach”) (Fryburg, 1586).
W 1604 Johann Baptist Cysat wstąpił do jezuitów. W marcu 1611 został studentem teologii w Ingolstadt. Tam spotkał Christopha Scheinera i pomagał mu w obserwacjach plam słonecznych, których odkrycie stało się później przedmiotem sporu między Galileuszem i Scheinerem.
W 1618 Cysat został mianowany profesorem matematyki na uniwersytecie w Ingolstadt, zastępując na tym stanowisku Scheinera. Ta pozycja pozwoliła mu zajmować się dalej problemami astronomicznymi. Cysat jako jeden z pierwszych wykorzystał nowo wynaleziony teleskop.
Cysat i komety Cysat obserwował kometę w roku 1618. Na temat komet wydał monografię pt. Mathematica Astronomica de loco, motu, magnitudine et causis cometae qui sub finem anni 1618 et anni initium 1619 in coelo fulsit. Ingolstadt Ex Typographeo Ederiano 1619 (Ingolstadt, 1619).