Następnie przyłączyli Brześć do swojego państwa na 11 lat ustanawiając w mieście siedzibę komtura. Miasto powróciło pod panowanie polskie w czasach Kazimierza Wielkiego na mocy pokoju w Kaliszu w 1343 roku. Jednak Brześć przez blisko 100 lat żył nadal pod groźbą najazdów, które powtarzały się kilkakrotnie, nawet po bitwie grunwaldzkiej.
Od XIV wieku Brześć był stolicą województwa brzeskiego, które po unii lubelskiej przemianowano na brzeskokujawskie. Istniało ono aż do czasów rozbiorów. Był także siedzibą sądów szlacheckich: ziemskiego i grodzkiego, które w mieście urzędowały aż do rozbiorówM. Pawlikowski, Sądownictwo grodzkie w przedrozbiorowej Rzeczypospolitej, Strzałków 2012, tenże, Sądownictwo ziemskie w przedrozbiorowej Rzeczypospolitej, Strzałków 2012..