Gdy 15 listopada 1939 niemieckie władze sądowo-policyjne przejęły kontrolę nad więzieniem, przebywało w nim jeszcze zaledwie 12 Polaków. 200px|right Większość ofiar łobżenickiego Selbstschutzu była jednak mordowana w tajnych egzekucjach poza miastem. Tego typu egzekucje przeprowadzano w pięciu miejscach – na cmentarzu żydowskim w Łobżenicy (znane są nazwiska 8 zamordowanych tam osób), na polu w pobliżu miejscowej strzelnicy (należącej do bractwa kurkowego), w lesie koło Łobżonki (znane są nazwiska 30 zamordowanych tam osób. Jedną z nich był przedwojenny burmistrz Łobżenicy, Hempel), w lesie koło Piesna oraz na polu w pobliżu miejscowości Rataje. Z łobżenickiego więzienia skazańców przywożono na miejsce straceń samochodami ciężarowymi bądź wozami konnymi, w grupach nie większych niż 20 osób. Nierzadko wiązano im ręce drutem kolczastym. Czasami ofiary musiały przed śmiercią same wykopać sobie groby. Znane są nazwiska dwóch osób (Jan Pankowski i Antoni Dywel), którym w ostatniej chwili udało się uciec z miejsca egzekucji.