Po wyzwoleniu Gdyni został mianowany naczelnikiem Wydziału Zdrowia, organizując od podstaw służbę zdrowia w mieście. W 1946 roku powrócił w szeregi Marynarki Wojennej, jako szef Służby Zdrowia MW. W 1962 roku został pracownikiem Wojskowej Akademii Medycznej w Łodzi, od 1963 roku jej profesorem nadzwyczajnym. Był organizatorem Katedry Medycyny Morskiej WAM z siedzibą w Gdyni Oksywiu. W 1969 roku przeszedł w stan spoczynku, w stopniu komandora. W 1976 roku otrzymał doktorat honoris causa swojej uczelni. 26 sierpnia 1954 został wyróżniony Odznaką „Za wzorową pracę w służbie zdrowia”M.P. nr 89 z 1954, poz. 995..
Augustyn Dolatkowski zmarł 16 lutego 1977 roku i został pochowany na cmentarzu Witomińskim (kwatera 61-13-3)Wyszukiwarka cmentarna - Cmentarze Komunalne w Gdyni. Od 1990 roku jego nazwisko nosi jedna z ulic w Gdyni Oksywiu. mały|Grób komandora prof. Augustyna Dolatkowskiego na cmentarzu Witomińskim