Mnisi nazywali swój klasztor Novum Monasterium.
Początki zakonu Założycielem zakonu cystersów był Robert z Molesme, opat benedyktyńskiego , zwolennik eremicko-ascetycznego stylu życia zakonnego. W wyniku sporu ze zwolennikami stylu zakonnego propagowanego przez mnichów w Cluny, Robert wraz z dwudziestoma mnichami opuścił Molesme i osiadł w podarowanym przez Raynalda z Beaune pustkowiu Cîteaux położonym około 20 km od Dijon w Burgundii, w diecezji Chalon-sur-Saône. Wśród mnichów-założycieli byli Alberyk i Stefan Harding. Biskup Walter potwierdził nowy klasztor, a książę Burgundii Odo I Rudy na polecenie legata apostolskiego, Hugona z Lyonu, wyposażył klasztor gospodarczo. Uroczysty akt fundacyjny klasztoru ogłoszono w dniu św. Benedyktyna, 21 marca 1098. W czerwcu 1099 synod biskupów zebrany w Port-d'Anselle, przychylił się do prośby zakonników z Molesme i polecił Robertowi powrót do Molesme na stanowisko opata. Robert podporządkował się decyzji biskupów i z dwunastoma mnichami wrócił do Molesme, gdzie umarł w 1111 roku. Według tradycji w Cîteaux pozostało ośmiu mnichów, którzy postanowili kontynuować życie zakonne według własnych reguł. Nowym opatem został dawny przeor klasztoru w Molesme Alberyk, a Cîteaux w ten sposób stał się klasztorem macierzystym.