Opat Alberyk wysłał mnichów Jana i Ilbodusa do papieża Paschalisa II z prośbą o prawne zatwierdzenie Novum Monasterium. Paschalis II wydał 19 października 1100 roku w Troi przywilej, który brał klasztor pod szczególną opiekę papieską i potwierdzał nowy styl życia zakonnego. W 1101 roku mnisi opuścili drewniane baraki i w niedalekiej odległości zbudowali stały klasztor. Pierwszy kościół klasztorny został poświęcony przez biskupa Waltera w 1106 roku. Alberyk funkcję opata pełnił przez 9 lat i jemu przypisuje się autorstwo Instituta monachorum Cisterciensium de Molismo venientium, które kładły fundament pod regułę zakonu cystersów. W 1109 roku opatem w Cîteaux został dotychczasowy przeor Stefan Harding, autor Carta Caritatis, zatwierdzonego przez Kaliksta II 23 grudnia 1119 roku dokumentu regulującego wzajemne stosunki między opactwami cysterskimi oraz zasady życia zakonnego. W 1113 roku do klasztoru w Cîteaux wstąpił Bernard z Clairvaux wraz z trzydziestoma towarzyszami, a kilka tygodni później założono pierwszy klasztor filialny w La Ferté. Kolejnym klasztorem filialnym został klasztor w Pontigny ufundowany w 1114 roku. Opatem w Pontigny został Hugon z Mâcon, który wstąpił do zakonu razem z Bernardem.