Spory teologiczne i próby pojednania W Magdeburgu podjął ożywioną polemikę z filipistami (zwolennikami Melanchtona) i wtedy to wybuchły spory, które zaszkodziły sprawie ewangelickiej bardziej niż działalność katolików. Obie strony przyczyniły się do zaognienia konfliktu. W Wittenberdze Flaciusowi przypisywano najgorsze pobudki działań, ze strony Flaciusa próby porozumienia udaremniały jego arogancja, zawzięty charakter i skłonność do autorytaryzmu. W swych dziełach sprzeciwiał się postanowieniom Interim augsburskiego i adiaforytom. Kiedy Magdeburg wpadł w ręce elektora Maurycego, podjęto próbę pogodzenia zwaśnionych stron. Pod nieobecność Flaciusa, Nicolaus Gallus i jego współpracownicy zgodzili się na negocjacje pod warunkiem, że nie będą poczynione żadne ustępstwa wobec papieża. Teolodzy doszli do porozumienia w kilku kwestiach, jednak podejrzliwy Flacius nie był usatysfakcjonowany i próba pojednania zakończyła się niepowodzeniem.