Kolejny spór wybuchł wokół poglądów Georga Majora, który w kazaniu wygłoszonym w Eisleben przyjął stanowisko, że dobre uczynki są niezbędne do zbawienia. W 1552 roku kontrowersje wzbudziła nauka Andreasa Osiandra, według którego usprawiedliwienie polegało na wewnętrznym przyjęciu przez człowieka sprawiedliwości Chrystusa. W sporze tym Flacius był po tej samej stronie co Melanchton, co dowodzi, że ich spór nie miał charakteru personalnego. W tym sporze Flacius opowiadał się za ściśle jurydycznym pojmowaniem odkupienia i usprawiedliwienia. W 1553 roku zaatakował mistyczny subiektywizm Kaspar Schwenkfelda, który rozdzielał wewnętrzne Słowo Boże od litery Pisma Świętego.
W tym czasie podjęto ponowne próby pogodzenia stronnictw wittenberskiego i magdeburskiego. W 1553 roku Flacius i Gallus zaproponowali podjęcie mediacji, jednak Melanchton nie odpowiedział. Później spotkanie pojednawcze zaproponował książę Krzysztof Wirtemberski, jednak Nikolaus von Amsdorf i jego zwolennicy negatywnie ustosunkowali się do jego propozycji, żądając od teologów z Wittenbergi publicznego odwołania swych poglądów. Kilka innych prób również zawiodło. Wtedy Flacius opublikował traktat Von der Einigkeit, w którym bronił swej osoby przed atakami i zaproponował kroki niezbędne do pojednania.