W maju 1944 roku Kuczynski został mianowany doradcą peruwiańskiego Ministerstwa Zdrowia.
W 1948 roku doszło w Peru do wojskowego zamachu stanu, a Kuczyński został uwięziony pod zarzutem sympatyzowania ze zdelegalizowaną lewicową partią Aprista, jednak szybko został zwolniony. Następnie otworzył własna praktykę lekarską przy ulicy Camaná w centrum Limy.
Prowadził badania antropologiczne w środkowej Azji (1924-26) i Peru (1938-48). Pozostawił cenny zbiór fotografii medycznychMichael Knipper, Oswaldo Salaverry. M. Kuczynski-Godard (1890-1967): fotografías médicoantropológicas de la amazonía y de los andes peruanos, 1938-1948. Rev Peru Med Exp Salud Publica. 2010; 27(1): 146-50..
Życie osobiste W 1935 roku poślubił swoją drugą żonę, Madeleine Godard, która była ciotką reżysera Jean-Luca Godarda. Z małżeństwa urodziło się dwóch synów: Pedro Pablo (ur. 1938), polityk i prezydent Peru w latach 2016–2018 oraz Miguel (ur. 1941), profesor Uniwersytetu w Cambridge.