W maju 1927 Heines był jednym z przywódców rebelii monachijskiego SA przeciwko polityce prowadzenia NSDAP i niedostatecznym funduszom na finansowanie SA. Wraz z zaprzyjaźnionym dowódcą oddziału szturmowego Nr 1 Hansem Rauscherem dążył do obalenia szefa SA w Monachium. Pod koniec maja 1927 Heines został wykluczony z SA i z NSDAP a Rauscher opuścił partię dobrowolnie. Heines założył własne struktury, do których z sukcesem werbował SA-manów – do nowych oddziałów Heinesa przeszło ok. jednej trzeciej z trzystu członków SA. W 1929 Heines został zrehabilitowany i od sierpnia tego roku sprawował funkcję dowódcy SA-Standarte w powiecie monachijskim.

W 1928 Heines został pociągnięty do odpowiedzialności za zabójstwo z 1920 i skazany przez sąd w Szczecinie na pięć lat więzienia – dzięki amnestii wyszedł na wolność już rok później.

W latach 1930–1933 poseł do Reichstagu z ramienia NSDAP. Od 1930 członek najwyższych władz SA a od 1931 dowódca SA na tereny Śląska – zastąpił na tym stanowisku Waltera Stennesa po reorganizacji SA na terenach wschodnich przeprowadzonej przez Ernsta Röhma. Od 1933 prezydent policji we Wrocławiu. W tej funkcji odpowiedzialny za powstanie obozu koncentracyjnego KZ Dürrgoy, który był nazywany jego prywatnym obozem.