Spędził tam 16 lat, podczas których m.in. stracił w pożarze swego domu żonę i córkę. W 1758 r. zamieszkał w Ljublianie u boku Cateriny de Franchenfeldt.
W 1767 r. Scopoli został zaangażowany do nowo powstałej Akademii Górniczej w Bańskiej Szczawnicy jako wykładowca chemii i metalurgii. Zajmował to stanowisko do 1776 r., poświęcając m.in. wiele czasu obserwacjom oddziaływania różnych związków chemicznych (w tym rtęci) na organizm człowieka. Położył w ten sposób podwaliny po zupełnie nową dziedzinę jaką jest toksykologia przemysłowa.
Ze względów patriotycznych Scopoli odmówił objęcia zaproponowanej mu katedry mineralogii w Akademii Nauk w Petersburgu. Ostatecznie w 1777 r. objął katedrę historii naturalnej Uniwersytetu w ówcześnie austriackiej Pawii. Stanowisko to piastował do swej śmierci, prowadząc wykłady z chemii i botaniki. Jego praca na uczelni pełna była konfliktów i zatargów z wykładającym tam również Lazzaro Spallanzanim (1729–1799). Ich podłoże tkwiło m.in. w podejściu do systematyki wprowadzonej przez Linneusza (której zwolennikiem był Scopoli, a przeciwnikiem Spallanzani).