Po utracie drugiej żony ożenił się po raz trzeci z Karoliną de Feyenau, pochodzącą z poważanej węgierskiej rodziny szlacheckiej.
Działalność naukowa Już w latach młodości w wolnych chwilach Scopoli poświęcał wiele czasu na studiowanie flory i fauny Tyrolu. Zgromadził wielki zielnik roślin i bogatą kolekcję owadów z tego terenu. Był pierwszym naukowcem, który obserwował żywego odmieńca jaskiniowego. Martwe osobniki odmieńca, które wraz z rysunkami rozesłał do badaczy i kolekcjonerów w Europie, stały się podstawą do pierwszych opisów i klasyfikacji tego gatunku płaza. Podczas pobytu w Idriji był w ciągłym konflikcie z dyrekcją kopalni, która zarzucała mu zbytnie zaangażowanie się w badanie roślin i owadów Krainy kosztem pracy w przedsiębiorstwie.
W 1760 r. opublikował pracę poświęconą florze Krainy (Flora carniolica) a w 1763 drugą, dotyczącą owadów (Entomologia carniolica). W 1761 r. w pracy pt. De Hydroargyro Idriensi Tentamina (...) opisał przypadki zatrucia rtęcią i towarzyszące im objawy kliniczne (w oparciu o własne obserwacje z kopalni w Idriji). W latach 1768–1772 wydał pięciotomowe Anni Historico-Naturales, zawierające m.in. bogatą część ornitologiczną.